Des chercheurs de l'Université Laval et du ministère des Forêts, de la Faune et des Parcsdu Québec viennent de démontrer que l'ADN en suspension dans les eaux d'un lac peut servir à estimer efficacement l’abondance de poissons qui y vivent. Les détails de cette méthode, qui pourrait révolutionner la façon dont sont gérés les stocks de poissons en milieu lacustre, sont présentés dans un récent numéro de la revue Journal of Applied Ecology. 
L’équipe supervisée par Louis Bernatchez, professeur à la Faculté des sciences et de génie de l’Université Laval, et Anaïs Lacoursière-Roussel, post-doctorante, a fait cette démonstration à partir des populations de touladis (truites grises) de 12 lacs du sud du Québec. Les chercheurs disposaient d'estimations de population de cette espèce obtenues à partir de l'approche traditionnelle réalisée par leurs partenaires du ministère des Forêts, de la Faune et des Parcs du Québec. Cette approche consiste à extrapoler à l'ensemble du lac la quantité de poissons capturés à l'aide de filets déployés dans différents secteurs du plan d'eau. Cette façon de procéder est souvent exigeante en temps et en personnel, en plus d’avoir un impact potentiellement négatif sur les populations de poissons.
L'ADN utilisé par les chercheurs, appelé ADN environnemental (ADNe), est composé de matériel génétique présent à l'état libre dans l'eau. « Cet ADN provient de cellules qui se sont détachées de la peau des poissons, précise le professeur Bernatchez. Comme ce matériel biologique se dégrade en quelques jours, son abondance donne un portrait très actuel des espèces qu'on trouve dans le lac », poursuit le chercheur qui est aussi titulaire de la Chaire de recherche du Canada en génomique et conservation des ressources aquatiques. Pour mesurer la concentration d'ADNe de touladi, les chercheurs ont prélevé une dizaine d’échantillons d’un litre d’eau dans différents secteurs de chaque lac étudié. Ils ont ensuite filtré cette eau et les particules retenues ont été soumises à des techniques d'analyse génomique permettant de mesurer précisément la quantité d’ADN spécifique au touladi.
Les résultats obtenus montrent une forte corrélation entre les estimations de population obtenues par la méthode traditionnelle et celles reposant sur la concentration d'ADNe. « En plus, les variations d'abondance de l'ADNe dans les différents secteurs de chaque lac sont similaires à celles rapportées pour les captures au filet, note le professeur Bernatchez. L'ADNe fournit donc une image fiable et précise du nombre de touladis et de leur répartition dans un lac, le tout à bien moindre coût qu’avec la méthode traditionnelle. Nous poursuivons maintenant nos travaux pour produire des outils génomiques ciblant plusieurs autres espèces d’intérêt pour la pêche, notamment le doré jaune, le doré noir, l'omble de fontaine, l’omble chevalier et le grand brochet, mais aussi pour plusieurs autres espèces rares ou menacées ou encore des espèces exotiques envahissantes. » Les applications de l'ADNe ne se limitent pas aux populations de poissons lacustres, ajoute Louis Bernatchez : « On pourrait aussi adapter cette approche pour les poissons qui vivent dans les rivières, notamment le saumon. » L’article paru dans Journal of Applied Ecology est cosigné par Anaïs Lacoursière-Roussel, Guillaume Côté et Louis Bernatchez, de l’Université Laval, et par Véronique Leclerc, du ministère des Forêts, de la Faune et des Parcsdu Québec.
Source : Université Laval
